袋狼是澳大利亚近代最大的有袋目食肉动物,它们于1.6亿年前与真哺乳亚纲的犬科动物分离,与之平行进化,是研究哺乳动物趋同进化的经典案例。1936年,最后一只袋狼死亡,这种独特的顶端捕食者的进化历史也成为了未解之谜。本文中,作者对一个袋狼标本进行测序,揭示了它在有袋目食肉动物中的进化地位,并且重建了种群历史,然后,研究了它们与犬科动物躯体进化的遗传基础。

December 13, 2017

山地大猩猩属于一类濒危的猩猩科亚种,也是重点的保护动物。目前来看,我们对于它们的基因组多样性和进化历史知之甚少。作者对许多野生中期进行了全基因组测序,并将其与Gorilla属全部4个亚种进行比较。作者发现东方的亚种在过去的10万年间经历了一个长期的种群下降,导致了非常低的遗传多样性和有害变异的积累增加。近期山地大猩猩的种群下降导致了严重的近亲繁殖,使得个体在序列上有34%的区域纯合,使得特别有害的隐形变异得以在种群内纯化。最后,作者讨论了它们种群减少的原因和将来存活的结果。

December 10, 2017

Nater等人发现了一种新的猩猩物种,命名为达班努里猩猩(Pongo tapanuliensis)。这种猩猩是从巴丹托鲁猩猩隔离分化而来的,与南苏门答腊和婆罗洲物种在形态上和相关的基因组分析中表现出明显的差异。现在野生的达班努里猩猩已经不足800只。

November 11, 2017

鹦鹉的羽毛含有红色、橙色和黄色多烯烃色素,这类色素称为psittacofulvin。虎皮鹦鹉的蓝色和绿色体色符合孟德尔遗传。作者通过基因组定位和基因表达分析定位了蓝色羽毛的位点,该位点的突变导致黄色素无法合成。这种蓝色性状与一种未被确定的酶(MuPKS)上的一个单氨基酸突变(R644W)有关。当作者在酵母里表达MuPKS的时候,发现酵母里也积累了黄色色素。质谱分析的结果表明酵母产生的黄色色素与羽毛中的色素相同。然后,作者分析了不同鸟类的基因表达情况,发现虎皮鹦鹉通过在上皮细胞中高表达MuPKS来获得多姿多彩的羽毛性状。

November 8, 2017

Hi-C技术是染色体构象捕获(Chromosome conformation capture,简称为3C)的一种衍生技术,

是指基于高通量进行染色体构象的捕获,它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的空间交互,

研究三维空间中调控基因的DNA元件。[...]

November 3, 2017

本文中,我们关注于一个编码高度保守的神经诱导受体的基因——DCC,并研究了其进化历程。在动物模型和人类中,DCC基因的扰动会导致严重的神经发育缺陷,例如联合轴突缺陷。鸟类是研究神经发育的主要模式物种之一,因此我们研究了DCC基因在鸟类中的进化,发现DCC基因中包含一些在进化过程中多次受到干扰的位点,导致基因的缺失和补救基因的高进化速率。

November 3, 2017

1、 在真双子叶植物六倍化事件(ECH)之后,葫芦科发生了一次四倍化事件(CCT)

2、 这两次多倍化事件中,基因的丢失和保留在亚基因组、以及物种分化后的各种植物中不平衡

3、 CCT事件中存在两种亚基因组,一类占据主要位置(dominant),一类很敏感(sensitive),表明CCT事件产生的结果是一种双二倍体

4、 CCT事件大约发生在90-102百万年前,为葫芦科植物共享,说明该事件在葫芦科的形成中扮演重要角色[...]

October 29, 2017

在一个受精卵内,雄原核DNA高度甲基化,而雌原核DNA则相对较弱。受精后,雄原核需要进行脱甲基化作用,其具体过程为:在Tet3的介导下5’甲基胞嘧啶变为5’羟甲基胞嘧啶,然后利用碱基切除修复(BER)和Cohesin(独立于BER)将5’羟甲基胞嘧啶修复为正常的胞嘧啶。在Cohesin缺失的突变体内,由于无法进行正常的损伤修复,因此持续的DNA损伤会激活细胞周期的检查点,阻止细胞进入有丝分裂。

October 29, 2017

学完了第二章泊松过程以后,对于“随机过程随机过,量子力学量力学”的前半句有了更深刻的理解。云里雾里地学了一大堆的概念以后,且不论能不能运用,记不记得住都成问题。数学家们要么就是觉得生物狗不需要学这些,要么就是高估了生物狗们的数学基础——总之,随机过程的任何一本参考教材都编写得十分不友好。

但是,该学的东西还是要学的,砍掉一些证明以后,以小鸡啄米的例子来再次认识一下我们在第二章学的内容。

October 30, 2017